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 Scanner à plat pour usage scientifique
Auteur: Maxime Legendre 
Date:   07-06-2004 12:55

Je voudrais avoir vos avis sur les HP Scanjet 8200, Canon Canoscan 9900F ou Epson Perfection 4870 dans un usage bien spécifique : il s'agit de numériser des "gels d'electrophorèse" dans un laboratoire de recherche. Un gel se présente sous la forme d'un rectangle d'environ 10x20 cm composé d'une matière translucide incluant des bandes de matière colorée dans la masse. Le challenge est de bien résoudre les plus petites bandes par rapport au fond. Enfin le gel peut avoir 0,7 mm d'épaisseur (mais je crois qu'avec les scanners CCD cela ne pose pas de problème). Sachant que le but recherché est de bien distinguer les plus petites nuances de coloration et que on est toujours réticent à faire subir des traitements automatiques à l'image (de peur de perdre des détails), lequel de ces scanners vous semblerait le plus capable de satisfaire nos besoins ?

Voici quelques exemples de ce que l'on a peut avoir à numériser
http://access.ncsa.uiuc.edu/Stories/topdown/images/gel_big.jpg
http://www.biology.usu.edu/biol4100/images/Rb%20gel.jpg
http://www.ftns.wau.nl/micr/micfys/keesroestdgge.gif


 
 Re: Scanner à plat pour usage scientifique
Auteur:  Emmanuel Bigler 
Date:   07-06-2004 18:35

Bonjour M. Legendre.

Je ne connais pas bien les machines dont vous parlez mais je peux témoigner de l'excellence des résultats obtenus avec un scanner de bureau pour la photo de petits objets centimétriques (en surface couverte) et millimétriques dans leur profondeur. C'est très simple : pour « documenter » ce genre d'objet je n'utilise plus la macro photo, je pose simplement l'objet sur la vitre. 0,7 mm n'est pas un problème... mais cela dépend de votre exigence de netteté : pas de miracle avec un scanner, c'est un transfert optique entre l'objet et le détecteur, il est soumis aux mêmes lois que n'importe quel transfert optique au rapport 1:1.

Ce qui est différent par rapport à la macrophoto c'est qu'on ne demande à l'optique que de couvrir un champ étroit, puis on procède par raccordement de champs. A priori on peut atteindre une finesse de détails de l'ordre de 10 à 20 microns même en tenant compte de la défocalisation de 0,7mm.

Une donnée qui n'est jamais mentionnée dans les docs techniques ces scanners c'est l'ouverture
numérique effective de l'objectif utilisé. Du coup on ne peut pas faire de simulation classique de profondeur de champ et de limite de netteté.

Si j'ai bien compris l'objet se présente comme une feuille mince transparent de l'ordre du mm d'épaisseur avec des bandes colorées dans la masse.

Je crois que vous n'échapperez pas à un étalonnage colorimétrique sur un substrat test afin d'étalonner votre chaîne graphique, en tirage numérique c'est le pain quotidien.

En ce qui concerne les traitements numériques d'image a posteriori je serais comme en diagnostic médical très conservateur à cause d'éventuels arfetacts fausant le jugement. Par exemple en radio médicale numérisée le JPEg est proscrit pour éviter de faire apparaître des artefacts qu'on pourrait confondre avec une pathologie.

Mais peut-être avez-vous déjà fait l'essai avec un scanner ordinaire ? Les progrès des scanners de bureau récents, d'après les discussions échangées sur ce site, sont plus dans la réduction de bruit électronique que dans la résolution qui est de l'odre de 10 microns pour un pixel (2400 points par pouce) ce qui donne environ 50 paires de lignes par mm. Comme vos structures ont des composantes quasi périodiques, il me semble que l'évaluation de la qualité d'image acceptableêtre pourrait être parfaitement quantifiée par une courbe FTM... sauf que la couleur est importante ce qui complique un peu l'affaire.


 
 Re: Scanner à plat pour usage scientifique
Auteur: MARTIN Gilles 
Date:   08-06-2004 10:51

Bonjour
J'ai eu l'occasion de photographier de nombreuses Electrophorèses, j'étais photographe scientifique 1973 à 1990 à Paris 6.
A l'èpoque on n'avait pas de scanner, je les posais sur une table lumineuse et je les photographiais par dessus en 4x5.

Le principal problème est de faire apparaître les différences de tonalités (bleu) si mes souvenirs sont bon.
Avec un scanner ce sera l'inverse puisque éclairé par le dessus.
La netteté n'est pas un problème puisque au départ il n'y en pas.
Je ne connais pas les scanners que vous proposez.
Il vous faut trouvez un scanner style Agfa Arcus 1200 qui peut scanner les transparents et les negatifs jusqu'au 20x25 cm, et surtout que le couvercle qui intègre l' éclairage puisse être parallèle et proche de votre électrophorèse.
Prévoir un cadre de le même épaisseur pour ne pas les écraser.
Vous les scannez comme une diapositive grand format.

Bonne chance
cordialement
gilles MARTIN


 
 Re: Scanner à plat pour usage scientifique
Auteur: Maxime Legendre (195.167.193.---)
Date:   08-06-2004 17:48

Merci pour ces réponses. Malheureusement Agfa ne vends plus de scanners et je ne vais pas réussir à retrouver un Arcus 1200.
Effectivement la fonction que je recherche c'est la possibilité de mettre en évidence des zones de coloration "subtiles", avec un contraste faible. Je ne sais pas si certains scanners se singularisent par rapport à d'autres dans ce domaine. Si vous avez des suggestion, n'hésitez pas.
Pour ce qui est de la fidelité des couleurs, dans ce type d'usage c'est un peu accessoire en fait ; on recherche la mise en évidence des petites taches sur le fond assez sale et si on doit passer en N&B pour être imprimé dans la revue où passe l'article décrivant la manip, cela n'est pas vraiment "grave" !
Une résolution de 10 microns par pixel, me semble largement suffisante pour les usages que nous avons : c'est très encourageant.
Merci encore pour vos réflexions.


 
 Re: Scanner à plat pour usage scientifique
Auteur: Yves (141.84.153.---)
Date:   08-06-2004 18:03

J'aurais une remarque/suggestion supplémentaire : le logiciel d'acquisition fourni avec un scanneur peut avoir tendance à faire trop de réglages automatiquement (exposition, contraste...). Utiliser un logiciel comme Vuescan (ou peut-être Silverfast que je ne connais pas bien) peut être intéressant pour contrôler précisément les paramètres, et surtout les reproduire à l'identique pour toutes les plaques de même nature.


 
 Re: Scanner à plat pour usage scientifique
Auteur: MARTIN Gilles 
Date:   08-06-2004 22:44

bonsoir
Il y a 3 semaines sur le forum occasion une annonce Agfa Arcus 1200 neuf jamais déballé au prix d'un scan premier prix.
J'ai acheté et j'en suis enchanté.
Passez une annonce .


 
 Re: Scanner à plat pour usage scientifique
Auteur: Ilitch L. 
Date:   11-06-2004 05:18

Bonjour,

Je ne suis pas un grand connaisseur mais comme j'envisage l'acquisition d'un scanner à plat pour archivage personnel je me suis documenté sur ces trois modèles.

D'après ce que j'ai trouvé sur le Net ou sur la presse papier le CanoScan 9900 aurait plus de piqué et netteté que le Perfection 4870, mais ce dernier serait le plus neutre, le Canon tirerait vers le rouge, le Scanjet 8200 aurait les couleurs les moins justes mais aurait le meilleur noir et blanc, le meilleur contraste. Tout ceci s'entendant avec les réglages par défaut.

Cordialement.
Ilitch




 
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